|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
|
Signaling Pathway for Butanol Production in Solventogenic Clostridium Bacteria
Musilová, Jana ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The diploma thesis is dedicated to studying signaling pathway for butanol production in Clostridium bacteria. The first part addresses the signaling pathways modeling by means of systems biology. The thesis follows the description of the data acquisition for signaling pathways modeling and modifying with the main focus on techniques for the detection of gene expression, products and phenotype. The third section is to obtain a basic model of a signaling pathway involved in butanol production in solventogenic clostridia. The final point and main goal is to create a dynamic model of butanol production signaling pathway in the Clostridium beijerinckii NRRL B-598 strain, its evaluation by static and dynamic analysis and comparison with biological data.
|
|
|
Interakce herbivorů a patogenů na rostlině
Nerandžičová, Denisa ; Koubek, Tomáš (vedoucí práce) ; Weiser, Martin (oponent)
Herbivoři a patogeny se na rostlině běžně vyskytují společně a jejich interakce zásadně ovlivňují nejen fitness samotných antagonistů, ale i obrannou reakci rostliny. Fytopatogeny modifikují biochemické procesy rostliny, což je jeden z důležitých faktorů, které rozhodují o výběru hostitelské rostliny herbivorem. Modifikace rostliny často vede i k obohacení, nebo naopak limitaci dostupných zdrojů pro herbivory a ke změnám v obranné reakci rostliny. Herbivoři zase usnadňují vnikání fytopatogenů do těla rostlin a také zprostředkovávají jejich přenos mezi rostlinami. Mnoho autorů předpokládá, že vliv interakcí na fitness antagonistů je podmíněn především vzájemným antagonismem mezi rostlinnými signalizačními dráhami řízenými kyselinou jasmonovou a kyselinou salicylovou. Inkonzistentní výsledky studií ovšem poukazují na to, že teorie je nejspíše značně zjednodušena, a proto není obecně aplikovatelná. Výsledné efekty interakcí zřejmě závisí na více faktorech, ze kterých bude mít velice významnou roli například druhová specificita. Je nicméně pravděpodobné, že interakce mezi antagonisty nenavyšují na rostlině škody způsobené dvojitým útokem. Ty jsou obvykle vyšší v rámci individuálních orgánů, ale rostlina je patrně dokáže efektivně kompenzovat a snižovat tím celkové negativní dopady na fitness.
|
|
|
Evolution of the gene regulatory network underlying the formation of the gastrula organizer
Macháčová, Simona ; Kozmikova, Iryna (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Buchtová, Marcela (oponent)
Během gastrulace je embryo obratlovce organizováno ze shluku buněk do bilaterálně symetrického těla. Tento organizační proces je řízen organizátorem gastrulace. Jeho vznik je indukován mateřskou signalizací Wnt/β-catenin a Nodal/Activin signalizací lokalizovanou v budoucí dorzální oblasti embrya. Regulační prostředí pak spouští expresi genů specifických pro organizátor gastrulace, které vytvářejí morfogenní gradienty v embryonálním těle, a proto poskytují každé buňce informaci o její poloze. Evoluce regulace vzniku organizátoru gastrulace v embryu však zůstává neznámá. Zde se snažíme otestovat kompatibilitu cis-regulačních modulů z bezobratlých s genovou regulační sítí obratlovců. Vnesli jsme proto fluorescenční reportérové geny pod kontrolou regulační sekvence genů bezobratlých specifických pro organizátor do obratlovčího modelu, abychom mohli pozorovat jejich chování v kontextu genové regulační sítě obratlovců. Našli jsme a funkčně ověřili 500 bp dlouhou sekvenci z kopinatce (enhancer), která je nezbytná a dostatečná pro řízení správné exprese genu Chordin v organizátoru gastrulace v rybě (zebřička pruhovaná). Chordin je významný gen specifický pro organizátor gastrulace, který antagonizuje BMP signalizaci (Bone Mophogenic Protein). Testovali jsme také další geny bezobratlých, zda jsou...
|
|
|
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírodních látek.
Smolová, Dagmar ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Flieger, Miroslav (oponent)
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírod- ních látek Přírodovědecká fakulta University Karlovy v Praze Smolová Dagmar Nádorová onemocnění v dnešní době zasahují více než třetinu světové populace a jsou pří- činou více než 20% všech úmrtí. Lepším pochopením rakoviny na epigenetické, genetické, molekulární a buněčné úrovni se objevuje čím dál tím více různých mechanismů, jimiž je možno zasahovat do procesu karcinogenese a předcházet tak konečnému stádiu invazivní nemoci. V poslední době je věnována velká pozornost přírodním látkám, které dokáží spe- cificky zasahovat do tohoto procesu. Tyto látky jsou výhodnější oproti standardní léčbě v tom, že jsou snadno dostupné a málo nebo vůbec toxické. V této práci byl pozorován vliv látek 6-shogaolu, 6-gingerolu a galanginu na leukemické buňky Jurkat. Největší účinnost vykazoval 6-shogaol. 6-Shogaol způsoboval apoptosu buněk aktivací anti-proliferační sig- nalizační dráhy Hippo a snížením genové exprese C-MYC onkogenu a množství C-MYC onkoproteinu, které mají v nádorových buňkách klíčovou roli při zajišťování dostatku energie pro aktivní růst a proliferaci.
|
|
|
Molekulární mechanismy indukce programované buněčné smrti v nádorových buňkách.
Fenclová, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Milichovský, Jan (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v dnešní době třetí nejčastější příčinou úmrtí (20 % všech úmrtí). Proto je důležité najít nové způsoby jak nádorové buňky účinně a specificky likvidovat a nejslibnější cestou je cílená terapie. Jedním z nejčastěji deregulovaných protoonkogenů v nádorových buňkách je C-MYC, což ho předurčuje jako efektivní cíl léčby. Vývoj takovýchto cílených účinných látek je ale velmi nákladný, proto jsou v této práci zkoumány přírodní látky, které byly používány pro léčbu nádorových onemocnění už ve starověké Číně. V této práci jsou zkoumány látky shikonin, cnicin a artemisinin. Výsledky ukazují, že shikonin indukuje apoptosu nádorových buněk cestou snížení exprese C-MYC a aktivací tumor supresorové MST1 kinasy. Cnicin také snižuje expresi C-MYC, ale MST1 aktivuje pouze slabě. Artemisinin, na druhou stranu, expresi C-MYC zvyšuje a MST1 neaktivuje, indukuje tedy apoptosu nádorových buněk zcela jiným mechanismem.
|
|
|
Role of CD8- and CD4-Lck interactions in the signaling and development of T cells.
Horková, Veronika
Adaptivní imunitní odpověď hraje klíčovou roli v udržení rovnováhy organismu. T buňky díky obrovskému repertoáru T-buněčných receptorů (TCR) velice citlivě rozlišují mezi tělu vlastními a cizími antigeny. Ačkoliv již máme celkem dobrou představu o tom, jak T buňky získávají optimální TCR repertoár a jak funguje jejich signální aparát, mnoho aspektů těchto procesů je stále nejasných. Cílem této disertační práce je rozšíření znalostí o fungování T-buněčné signalizace, se zaměřením na úlohu interakce TCR koreceptorů s kinázou LCK, která se specificky vyskytuje v lymfocytech. Předchozí výzkum ukázal, že interakce koreceptorů s LCK kinázou reguluje mnohé aspekty vývoje a signalizace T buněk. V první části této práce jsme pozorovali dynamickou změnu stechiometrie této interakce v průběhu vývoje T lymfocytů. Tato dynamika se překvapivě výrazně liší u CD4 a CD8 koreceptoru. Naše výsledky naznačují, že odlišná dynamika koreceptor-LCK interakce vyústí v selekci více auto-reaktivního TCR repertoáru u CD8+ T buněk. Když se navíc vysoko auto-reaktivní T buňky dostanou do periferie, v důsledku silných homeostatických signálů diferencují do více tolerogenního fenotypu, podobného paměťovým T buňkám. Abychom jednoznačně prokázali roli interakce koreceptoru s LCK, vyvinuli jsme myší genetický model s LCK neschopnou...
|
|
|
Role of CD8- and CD4-Lck interactions in the signaling and development of T cells.
Horková, Veronika ; Štěpánek, Ondřej (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hons, Miroslav (oponent)
Adaptivní imunitní odpověď hraje klíčovou roli v udržení rovnováhy organismu. T buňky díky obrovskému repertoáru T-buněčných receptorů (TCR) velice citlivě rozlišují mezi tělu vlastními a cizími antigeny. Ačkoliv již máme celkem dobrou představu o tom, jak T buňky získávají optimální TCR repertoár a jak funguje jejich signální aparát, mnoho aspektů těchto procesů je stále nejasných. Cílem této disertační práce je rozšíření znalostí o fungování T-buněčné signalizace, se zaměřením na úlohu interakce TCR koreceptorů s kinázou LCK, která se specificky vyskytuje v lymfocytech. Předchozí výzkum ukázal, že interakce koreceptorů s LCK kinázou reguluje mnohé aspekty vývoje a signalizace T buněk. V první části této práce jsme pozorovali dynamickou změnu stechiometrie této interakce v průběhu vývoje T lymfocytů. Tato dynamika se překvapivě výrazně liší u CD4 a CD8 koreceptoru. Naše výsledky naznačují, že odlišná dynamika koreceptor-LCK interakce vyústí v selekci více auto-reaktivního TCR repertoáru u CD8+ T buněk. Když se navíc vysoko auto-reaktivní T buňky dostanou do periferie, v důsledku silných homeostatických signálů diferencují do více tolerogenního fenotypu, podobného paměťovým T buňkám. Abychom jednoznačně prokázali roli interakce koreceptoru s LCK, vyvinuli jsme myší genetický model s LCK neschopnou...
|
|
|
Signální dráhy a geny regulující zrání oocytů prasete
Blaha, Milan
Znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu indukované gonadotropiny v preovulačních folikulech předchází exprese genů amfiregulin (AREG) a epiregulin (EREG), které patří do rodiny epidermálního růstového faktoru (EGF), v buňkách stěnové granulózy i kumulu. V podmínkách in vitro jsou tyto peptidy produkovány i kumulárními buňkami při stimulaci folikuly stimulujícím hormonem (FSH). FSH i peptidy podobné EGF stimulují znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu v podmínkách in vitro aktivací široké signální sítě v kumulárních buňkách. Za účelem definovat signální dráhy, které řídí FSH- a AREG-indukovanou expanzi kumulu a znovuzahájení meiózy, byly prasečí komplexy oocyt-kumulus (COC) kultivovány se specifickými inhibitory proteinkináz. Výsledky dokumentují, že pro znovuzahájení meiózy indukované FSH (nikoliv AREG) jsou důležité PKA a MAPK14. Aktivita EGFR a MAPK3/1 je důležitá u obou způsobů stimulace. Za účelem charakterizovat efekty FSH a EGF-like peptidů na genovou expresi v kumulárních buňkách byly analyzovány transkriptomy těchto buněk pomocí mikročipů. FSH i AREG+EREG zvýšily expresi genů spojených s regulací proliferace, srážením krve a remodelací extracelulární matrix. FSH (na rozdíl od AREG+EREG) také zvýšil expresi genů kódujících klíčové transkripční faktory spojené s plodností samic. Produkce...
|
|
|
Úloha růstových faktorů a cytokinů v regulaci meiotického zrání oocytů savců
Marcollová, Kateřina ; Procházka, Radek (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
Rozmnožování je klíčové pro přežití druhu. Oocyty jsou ve folikulu blokovány v profázi I. meiotického dělení. Stimulací gonadotropiny folikul roste a oocyt získává kompetence. Vyloučení 1. polárního tělíska je znak obnovy dělení oocytu. V profázi I. je oocyt blokován vysokou hladinou cAMP, aktivující PKA, která fosforylací inhibuje MPF. NPR2 po vazbě CNP tvoří v granulózních buňkách cGMP, který difunduje do oocytu, kde inhibičně kompetuje s cAMP na PDE3A, čímž je udržován dostatek cAMP pro blokaci oocytu v profázi. LH a FSH vyplavené z hypofýzy spouští signální kaskádu, obnovující meiotické dělení. Syntézou AREG, EREG a BTC v somatických buňkách se aktivují EGFR a MAPK dráhy, které se podílí na snížení propustnosti mezerových spojů a snížení aktivity NPR2, čímž poklesne produkce i transport cGMP. Do oocytu difunduje méně cGMP a aktivuje se PDE3A, hydrolyzující cAMP, díky čemuž se aktivuje MPF a obnoví se meiotické dělení. MAPK spolu s PI3K také zvyšují expresi Has2 a tím i produkci kyseliny hyaluronové, podílející se na expanzi kumulárních buněk a ovulaci oocytu. Využitím in vitro technik a kultivací oocytů s růstovými faktory a cytokiny, se zlepšuje zrání a růst oocytů, které vede ke kvalitnějším blastocystám. Médium FLI, kombinující FGF2, LIF a IGF-1, zvyšuje úspěšnost kultivace oocytů a kvalitu...
|
host ::
RSS.